Il kothon è stato identificato come una piscina sacra connessa con il Tempio adiacente scoperto e scavato dalla Missione della Sapienza dal 2002 al 2010[6]. La vasca, che era alimentata da una sorgente di acqua dolce, attraverso un serie di sette blocchi di calcarenite inseriti nello strato marnoso, ma a contatto con la falda freatica, era chiusa verso lo Stagnone di Marsala, essendo stata – solo successivamente – dopo l’abbandono di Mozia, trasformata in bacino ittico e poi in salina. D’altra parte l’antica interpretazione della piscina come un’installazione portuale è sconfessata anche dagli studi sul livello antico delle acque, che era di circa 1 m inferiore a quello attuale (come indica peraltro la famosa strada sommersa). La piscina era collegata da un canale costruito con il pozzo sacro posto al centro del Tempio del kothon ed è stata paragonata a quella del santuario detto “Maabed” di Amrit in Siria, un luogo di culto fenicio coevo al kothon di Mozia (VI secolo a.C.).