In Piazza Carmine si trova anche la chiesa di Santa Margherita[19] del 1342 fatta erigere da Eleonora d’Aragona, moglie del Peralta. L’ultimo restauro si è completato nel 1994, dopo che la stessa chiesa venne rifatta nel 1595 con delle colonne angolari con architravi, fregi e cornici. È aperta al pubblico, ma non al culto, per cui viene utilizzata per mostre, convegni e concerti. L’ingresso principale è catalano, mentre il portale marmoreo che si trova sulla destra fu realizzato nel 1468 da Pietro de Bonitate su disegno di Francesco Laurana. L’interno, ad unica navata, è barocco e conserva stucchi policromati ed affreschi di Ferraro del XVII secolo. Sull’altare si trova un’icona in marmo del 1507–1512, una statua in legno del 1544, opera di Frigia, che raffigura Santa Margherita, ed un organo ligneo del 1641. Nella navata si trovano sei grandi riquadri e molti medaglioni realizzati dal Portulani tra il 1529 e il 1530.