Intitolata a san Nicola di Bari, è situata all’interno del borgo antico a poca distanza dal mare. Costruita alla fine del XIII secolo, presumibilmente durante la rifondazione angioina della città, essa versava nel Cinquecento in pessime condizioni. L’arcivescovo di Bari Girolamo Sauli ne impose pertanto la riedificazione, che avvenne negli anni 1547–1575 per opera dei maestri dalmati Francesco e Giovanni da Sebenico e Giovanni da Curzola. L’edificio costituisce tutt’oggi un pregevole esempio dell’architettura rinascimentale adriatica, sebbene gli ampliamenti di epoca barocca abbiano alterato l’aspetto dell’area absidale e di alcune cappelle laterali. Recenti restauri hanno permesso di valorizzare, all’esterno, il rosone e i due portali, dei Leoni (sul fianco sinistro) e dei Nani stilofori (in facciata). Lo spazio interno è scandito in tre navate, quelle laterali con volte a crociera che ne caratterizzano lo stile e da imponenti colonne in stile corinzio. Di particolare pregio le decorazioni scultoree, tra le quali si distinguono i delicati bassorilievi sui pilastrini dei matronei, il monolitico fonte battesimale sorretto da un basamento con putti danzanti, e la cinquecentesca statua di san Michele in pietra dipinta, opera di Stefano da Putignano. Nel cappellone del Santissimo Sacramento, l’altare in marmi policromi e la statua in legno dipinto dell’Immacolata, sulla cimasa (1750), sono opera della bottega dell’andriese Nicola Antonio Brudaglio. L’apparato iconografico è nobilitato dall’altare in legno dipinto che custodisce l’icona della Madonna di Costantinopoli, del tardo Trecento, e da un affresco cinquecentesco di scuola dalmata che probabilmente ricorda l’assedio di Curzola del 1571 per opera del governatore di Algeri, il musulmano Uluç Ali.[16]
Tra le tele, per lo più di scuola pugliese e napoletana e databili ai secoli XVII e XVIII, spicca quella della Madonna della Neve, opera del primo Settecento attribuita a Paolo de Matteis, sul retro della quale c’è un dipinto più antico di più pregevole fattura, attribuibile alla scuola leonardesca.
La cripta, un tempo usata per le sepolture, nel 1744 fu trasformata in oratorio e dedicata ad ospitare il reliquiario con i frammenti lignei attribuiti dalla tradizione alla Croce di Cristo, che furono donati al Capitolo di Mola nel 1713.
Da questa chiesa ha inizio l’antichissima processione del SS. Legno della Croce di Gesù, presente a Mola dal 1713, nel giorno del Venerdì Santo. Il seguitissimo corteo percorre le stesse strade da più di 300 anni e il momento clou, prima del rientro in chiesa, è la benedizione ai fedeli raccolti dinanzi al sagrato della chiesa della Maddalena in piazza XX Settembre.