Il castello, nato dapprima in epoca angioina come modesto forte difensivo, è stato poi rimaneggiato e rinforzato verso la metà del XV secolo da Andriolo Lubello (o dal figlio Luigi), barone di Maglie sotto il regno di Alfonso I d’Aragona. Conferma il Re, in una lettera del 1449, a Luigi Lubello, il possesso del casale di Maglie, che il padre Andriolo ha lui donato col suo castello seù fortalezza.
La fortezza subì considerevoli danni durante l’assedio dei cavalieri turchi dell’1 e 2 agosto del 1480. Gli ottomani provenienti da Otranto, che verrà poi conquistata alcuni giorni più tardi, razziavano il territorio in cerca di vettovaglie. I cittadini di Maglie, che non era difesa da cinta muraria alcuna, si rifugiarono nel castello, ma patirono comunque il saccheggio e l’oltraggio dei nemici. I danni furono subito riparati negli anni successivi, e la fortezza non subì ulteriori modifiche.
Nella seconda metà del XVII secolo, quando le invasioni ottomane nel Salento cessarono del tutto, il castello di Maglie perse la sua utilità come struttura difensiva, e ben presto cadde in disuso. L’abbandono causò il progressivo peggioramento delle strutture, che iniziarono a minacciare rovina in alcuni punti, e crollare del tutto in altri. Emblematica è la descrizione che un prelato dell’epoca redige visitando il castello, che viene trovato in completo stato di incuria, pericolante e con il tetto della cappella parzialmente crollato.
Quando nel 1711 il maniero venne ceduto al duca Ascanio Filomarino, venne demolito e convertito in palazzo baronale secondo la moda di quegli anni, salvo mantenerne alcuni ambienti.