La cripta di San Giovanni Battista è sita in località San Giovanni, a circa 1 km dal centro urbano. La località ospita oltre alla cripta, una chiesetta rupestre, una piccola necropoli medievale, un frantoio sotterraneo e una grande cisterna.
L’ipogeo, di piccole dimensioni con un impianto planimetrico circolare, è scavato interamente nella roccia. La cripta ospitò molto probabilmente una comunità di monaci basiliani insediatasi tra l’VIII e il IX secolo. Le pareti lasciano intravedere deboli tracce di affreschi ormai irrimediabilmente perduti. Adiacente all’ingresso della cripta sorge una chiesetta dedicata a San Giovanni Battista costruita sul luogo dove sorgeva un’altra chiesa crollata nel 1607.