La chiesa di San Francesco d’Assisi fu edificata tra la fine del 1599 e la fine del 1600 in posizione adiacente al convento dei frati Cappuccini per volere del duca Cosimo Pinelli e di sua madre Livia Squarciafico, nella quale destinarono una cappella a sepoltura della propria famiglia. L’edificio rispecchia le caratteristiche di sobrietà delle chiese degli ordini mendicanti. La facciata, dalle linee essenziali, è priva di qualsiasi elemento decorativo, eccezion fatta per lo stemma dei Pinelli riccamente scolpito. L’interno, costituito da un’unica navata tripartita con archi, è decorato con stucchi barocchi e altari. L’altare maggiore è realizzato in legno e racchiude al centro una tela del pittore napoletano Fabrizio Santafede raffigurante San Francesco d’Assisi che riceve le stigmate. Ai lati i dipinti di sant’Antonio da Padova e santa Chiara. Un’epigrafe ricorda la consacrazione del tempio avvenuta il 29 novembre 1703 ad opera di Carlo Francesco Giocoli, l’allora arcivescovo di San Severo[17].