La costruzione della chiesa e del convento dei Francescani Neri risale ai primi decenni del Cinquecento; nel 1531 si svolse nel convento il Capitolo dei Francescani Neri, come riportato in un’iscrizione.
La chiesa presenta delle rifiniture gotiche con tracce antiche di un arco a sesto acuto sulla porta della facciata. L’interno è a navata unica. Nel 1532 venne edificata la cappella dedicata a Santa Caterina d’Alessandria, addossata al lato destro della facciata principale. La cappella è interamente affrescata con scene della vita di Santa Caterina e del suo martirio e con le raffigurazioni dei Santi Medici e del martirio di Sant’Agata. Dal coro si accede a una cripta sotterranea di origine basiliana sorretta da 36 colonnine su quattro linee e contenente tracce di affreschi bizantini.
L’edificio sacro fu rinnovato nel Settecento secondo il gusto barocco dell’epoca. Sul muro a sinistra della facciata è presente un altorilievo in pietra leccese raffigurante probabilmente un componente dei Protonobilissimo che contribuì all’edificazione della chiesa.
Dopo la soppressione degli ordini religiosi, il convento subì numerose trasformazioni e fu adibito nel 1885 ad educandato femminile dalle Figlie della Carità e nel 1945 trasformato in orfanotrofio. Fu definitivamente chiuso nel 1980.