L’edificio venne iniziato con l’impiego di materiali provenienti da monumenti di svariate civiltà, tra cui romana, longobarda ed ebraica. Il suo progetto risale al XII secolo, quando la Chiesa antica venne giudicata un luogo inadatto a contenere un certo numero di fedeli, quindi si optò di architettare un vasto ampliamento dietro l’abside, con il fine di creare un’unica grande basilica.
Si dice che i lavori, sovvenzionati dai Benedettini, iniziarono verso la metà del 1100 ma i ritmi andarono man mano scemando, a causa dell’altalenante patrimonio dei Benedettini e anche perché questi furono costretti ad abbandonare Venosa, causa la soppressione del loro Monastero per volere del papa Bonifacio VIII nel 1297. Costui assegnò, nello stesso anno, il complesso ai “Cavalieri dell’Ordine dell’Ospedale di San Giovanni di Gerusalemme” (in seguito noti come Cavalieri di Malta), i quali persero i propri possedimenti in Palestina durante l’Ultima Crociata.
L’Ordine non prestò attenzione all’impianto monastico della nuova chiesa e stanziò il proprio quartier generale all’interno di Venosa, precisamente nel “Palazzo del Balì”. Da quel momento, la struttura non venne più completata. Ad ogni modo, vennero attuati altri interventi come il portale nel XIV secolo e il campanile a vela nel XVI secolo, ma a livello architettonico la Chiesa incompiuta rimase tale. Oggi il monumento è affidato all’antico ordine dei Padri Trinitari.