Il Museo del Sannio di Benevento è un museo che raccoglie testimonianze storiche di tutte le epoche riguardanti il Beneventano. Si divide in 4 dipartimenti: Archeologia, Medievalistica, Arte e Storia. I primi tre trovano posto nel chiostro della chiesa di Santa Sofia, l’ultimo nel torrione della Rocca dei Rettori. Inoltre dal 1981 al Museo è affidata anche la chiesa di Sant’Ilario a Port’Aurea, che funge da videomuseo dell’Arco di Traiano. Il museo include una biblioteca specializzata e un laboratorio per analisi e restauri.
Il primo nucleo dell’attuale Museo del Sannio fu un museo archeologico comunale fondato nel 1806 da Talleyrand, allora principe di Benevento, nell’ex casa gesuitica. Il governatore inviato dal principe, Louis De Beer, si preoccupò tuttavia prevalentemente di arricchire le collezioni private propria e di Talleyrand.
Dopo la Restaurazione l’edificio fu restituito alla Compagnia del Gesù, che vi riaprì il proprio collegio, senza tuttavia disperdere il materiale archeologico che vi era stato raccolto.
Il 4 settembre 1873 la provincia fondò il nuovo Museo del Sannio, destinato a raccogliere i materiali conservati nel Collegio gesuita, quelli sparsi radunati dal comune a partire dal 1865, acquistando anche opere in possesso di privati, e altro materiale proveniente dal territorio provinciale. Nel 1893 un primo raggruppamento di materiali venne ospitato nella Rocca dei Rettori, a cura di Almerico Meomartini.
A cura di Alfredo Zazo, nel 1929 le collezioni furono trasferite presso il complesso monumentale di Santa Sofia, acquistato dall’amministrazione provinciale come sede per il museo e per l’Archivio storico e la Biblioteca, mentre la sezione storica rimase alla Rocca.
Dopo la seconda guerra mondiale il materiale si accrebbe in modo considerevole per le scoperte fatte durante lo sgombero delle macerie causate dai bombardamenti. Nei primi anni sessanta, Mario Rotili riorganizzò il museo secondo criteri moderni, e nel 1964 esso fu riconosciuto “museo grande”. Nel 1973 ne divenne direttore Elio Galasso, che ampliò il museo e inaugurò un programma di ricerche che rese il museo un esempio a livello nazionale. Il Direttore Galasso aprì, inoltre, il Museo alla cultura contemporanea (pittura, installazioni, teatro, musica), e rese l’istituto un centro culturale multiforme, ospitando regolari rassegne musicali (soprattutto concerti pianistici), mostre e convegni. Dopo il congedo dal servizio di quest’ultimo Direttore, nel 2004, a suo tempo nominato mediante concorso pubblico, nessun altro Direttore è stato designato, avendo inteso l’ente proprietario affidare a dei funzionari l’amministrazione dell’istituto.
Nel 1999 si sono conclusi i lavori di restauro del chiostro di Santa Sofia e del Museo su progetto degli architetti Ezio De Felice, Eirene Sbriziolo e Roberto Fedele.