Si tratta di uno tra i più grandi edifici sacri dell’Italia Meridionale edificati nel XX secolo e deve il suo nome a Paolo Tonti, il quale donò le sue ricchezze per la costruzione dello stesso.
Poiché la chiesa madre, l’ex cattedrale, era divenuta insufficiente per la popolazione di Cerignola, nacque la necessità di progettare e costruire un nuovo edificio religioso che potesse assolvere a questo compito, soprattutto durante le funzioni religiose più importanti.
Per questo motivo nel 1820 il comune fece predisporre un progetto dal costo di 70.000 ducati a cui seguì, nel 1845, un secondo ad opera dell’architetto Francesco Saponieri. Entrambi i progetti furono bocciati per ragioni economiche. La situazione cambiò nel 1855 quando, alla sua morte, il facoltoso concittadino Paolo Tonti donò tutti i proventi derivati dalla rendita dei suoi possedimenti alla città, al fine di costruire una nuova cattedrale. Del progetto fu nuovamente incaricato l’architetto Saponieri, che ne propose uno da 190.000 ducati. Il progetto fu, ancora una volta, scartato perché troppo costoso. La redazione del progetto fu così affidata all’ingegnere Errico Alvino, ma anche quest’ultimo presentò un’opera dal costo troppo elevato per le casse cittadine. L’ingegnere milanese propose allora un secondo progetto, approvato dal comune, ma non dalla cittadinanza a causa delle dimensioni modeste di poco superiori a quelle della chiesa madre. Finalmente nel 1870, dopo aver apportato alcune modifiche, l’ingegner Alvino vide approvato il suo progetto, per una previsione di spesa di 127.000 ducati.
La costruzione cominciò il 29 giugno 1873, con la posa della prima pietra del nuovo edificio. Nel 1876 l’ingegner Alvino morì e l’incarico passò ad un suo allievo, l’ingegner Giuseppe Pisanti, che approntò un ulteriore progetto definitivo. Una serie di vicissitudini fecero allungare di molto i tempi di realizzazione dell’opera, tanto che la sua inaugurazione si ebbe, nonostante la costruzione non fosse ultimata, solo il 14 settembre 1934. Il tempio ereditò i titoli di cattedrale e di parrocchia di San Pietro Apostolo dall’antica chiesa madre. Il duomo fu chiuso in seguito al terremoto che colpì la città il 23 novembre 1980. I successivi lavori di restauro furono avviati nel 1982 e riguardarono il consolidamento statico delle strutture, la ricostruzione della lanterna, la sostituzione del rivestimento in rame delle cupole e interventi su rifiniture interne ed esterne, organo compreso.
Dal 30 settembre 1986 la chiesa è cattedrale della diocesi di Cerignola-Ascoli Satriano. Il 22 febbraio 1999, successivamente alla richiesta avanzata dal vescovo Giovan Battista Pichierri in data 13 aprile 1998, è stata elevata alla dignità di basilica minore[1] intitolata a San Pietro Apostolo. Dal primo sabato dopo Pasqua al secondo lunedì di Ottobre nella cattedrale è conservata l’icona della Madonna di Ripalta, patrona principale della città.