Il battistero di San Giovanni di Canosa di Puglia è un edificio a pianta dodecagonale con quattro camere sugli assi principali, che costituiscono i bracci di una croce greca, e quattro corridoi ad essa alternati, che affacciano tutti sul vano centrale rispettivamente con una e due porte. Al centro dell’edificio i resti di una vasca battesimale eptagonale. L’area della vasca era coperta da una cupola. Il battistero era un edificio di grande pregio, non solo per le notevoli dimensioni e l’articolazione degli spazi ma anche perché dotato di un vasto apparato decorativo, di cui sono state ritrovate poche ma significative tracce: nella vasca tessere vitree ricoperte da una lamina d’oro e lacerti del mosaico pavimentale, decorati da stelle a quattro punte, i cui bracci sono resi da losanghe, alternati a rettangoli.
La principale città della Puglia in età tardoantica era Canosa, al vertice della gerarchia urbana della provincia Apulia et Calabria e dunque città del governatore e del vescovo. La storia dei suoi monumenti paleocristiani è legata ad un vescovo in particolare, Sabino, il cui vescovado si colloca tra il 514 ed il 566.
L’epoca del vescovo Sabino fu caratterizzata da una profonda crisi politico-istituzionale e dalla guerra greco-gotica (535-553). Tuttavia la diocesi canosina, che fondava la sua ricchezza su ampi possedimenti terrieri estesi fino alla Sicilia, raggiunse il massimo prestigio proprio allora grazie a Sabino.
Sabino mise in atto un ampio disegno urbanistico: una sorta di cinta difensiva sacra intorno alla città con la realizzazione a sud del complesso di San Pietro, la sistemazione a nord del battistero di San Giovanni affiancato alla chiesa di Santa Maria e, infine, la risistemazione nel suburbio a sud-est del complesso martoriarle dei Santi Cosma e Damiano, oggi nota come basilica di San Leucio. Lo spazio urbano viene così ridefinito e connotato in senso cristiano, mediante la realizzazione di nuovi poli di attrazione, diversi e alternativi a quelli tradizionali del foro (area dell’attuale Cattedrale) e dell’area sacra di Giove Toro (attualmente vico Toro, traversa via Imbriani)